东南医院前身为卢湾区医院，创建于1957年，在1993年11月与五里桥地段医院合并，组建成现在的东南医院，是一家区级综合性医院。东南医院的诞生是中共卢湾区委、区政府为满足卢湾区东南块人民群众医疗和健康的需求而实施的七项为民实事工程的结果。它改变了卢湾区的东南方向没有一定规模的综合性医院的不合理布局。给周围人民群众就近方便享受医疗服务提供了方便，受到社区居民的欢迎。
多年来，东南医院在上级领导重视和支持下，发扬团结、奉献、优质、高效的医院精神，坚持面向社会、救死扶伤、质量第一、病员至上的办院宗旨，不断提高职工的业务和道德素质，全心全意为社区群众提供方便、及时、有效的医疗预防保健服务。经过全院职工坚持不懈地努力，使医院社会效益和经济效益得到明显提高，实现了医院一年一个样、三年大变样的既定目标。先后通过卫生部二级乙等医院的评审，规范服务达标，取得93-98年度连续三届区文明单位，95-98年度连续二届市卫生系统文明单位和97-98年度上海市文明单位的光荣称号。
随着上海经济、社会的高速发展，人民生活水平的提高、人口老龄化及疾病谱、死亡谱的改变，以及社会对基本卫生服务的需求不断提高，要求医院必须改变原有服务模式和内容，适应新形势的需要，大力发展社区及家庭医疗、发展老年康复、老年护理机构和家庭病床，逐步将医院、社区、家庭医疗、预防、保健工作融为一体，这既是适应社会老龄化的需要，也是充分利用现有卫生资源，降低医疗成本，方便病人的需要。上海市卢湾区东南医院所获的荣誉通过卫生部二级乙等医院的评审，规范服务达标，取得93-98年度连续三届区文明单位，95-98年度连续二届市卫生系统文明单位和97-98年度上海市文明单位的光荣称号。