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1949年10月1日，中华人民共和国宣告成立，人民空军的战机首次编队飞过天安门广场上空，空军总医院的神圣使命由此诞生。1950年5月，空军决定在北京建立空军医院。1954年7月，番号确定为“中国人民解放军空军总医院”。
那是一个百废待兴的时代。一批批政治、军事、医务干部和优秀大学毕业生，从新中国的四面八方汇集到北京，参加医院的创业工作。
空军总医院是新中国军事航空医学的发源地。从建院起，主要承担空军飞行人员航空病、常见病诊疗防治研究，医学鉴定任务；担负着空军部队及联勤部队官兵的健康保障和疾病救治。在此基础上，发挥技术和人才优势，积极帮助地方医疗卫生机构，开展卫生帮扶工作。
1978年，科学春天催生医院腾飞。到上世纪末，医院创建发展起一批促进航空医学发展，提升大众健康的国家和军队重点学科，形成了面向战场、适应市场的优势学科群。作为中国首批对外开放的部队医院，还面向广大地方患者提供优质医疗服务。医院迅速迈进国内、军队医院第一方阵行列。1994年，成为国家和军队首批三级甲等医院和国际爱婴医院，2012年，高分通过“三甲”医院复评。如今，医院已发展成为集医疗、教学、科研和预防保健于一体的大型综合性医院，正在向研究性医院迈进。目前，总占地面积15万平方米，建筑面积突破30万平方米。实际展开床位1000余张。设50多个专业科室。拥有高端医疗设备等总价值5.9亿元，年门诊量200多万人次，收治量约4万人次。
